تتنوع الأهداف العامة في الكلية اعتماداً على المتطلبات التي وُجدت من أجلها:

 إعداد طاقات بشرية متخصصة في العلوم البيئية وحماية البيئة من أخطار التلوث.
 تأهيل الكوادر العلمية بتقنيات تحلية ومعالجة المياه والمخلفات الصلبة والغازية.
 تأهيل كوادر متخصصة في مجال الأحياء البحرية فيما يتعلق بصيدها واستزراعها وتنميتها والمحافظة عليها.
 تأهيل كوادر متخصصة في مجال تكنولوجيا الأسماك فيما يتعلق بتصنيعها وتعليبها وتحضيرها.
 الإسهام في تقديم العلم والمعرفة وإقامة الندوات والمؤتمرات والدورات العلمية والمشاركة بها.
 فتح مجالات التدريب وإعداد الكوادر الفنية المختلفة القادرة على المساهمة في برامج التنمية.
 تعزيز التعاون مع المؤسسات والجمعيات العلمية الوطنية والإقليمية والدولية.
 تعزيز التعاون مع الجامعات العلمية المحلية والخارجية.
 القيام بإجراء البحوث والدراسات العلمية ونشرها.
 تقديم الاستشارات العلمية في التخصصات البيئية المختلفة وكذلك في الأحياء البحرية وتكنولوجيا الأسماك.